มี Magi Craft Meister เพียงแห่งเดียวในโลก หลังจากการตายของ Meister คนสุดท้ายเมื่อหนึ่งพันปีที่แล้ว Jin Nidou ถูกส่งไปยังอีกโลกหนึ่งเพื่อที่จะทำตามความปรารถนาของเธอ หลังจากได้รับความรู้เกี่ยวกับ Magi Craft Meister แล้ว Jin พยายามใช้ประตูวาร์ป แต่มันทำงานผิดปกติ จึงพาเขาไปยังสถานที่ที่ไม่รู้จัก นอกจากนั้น ออโตมาต้าที่เขาเพิ่งฟื้นคืนมายังใช้ประตูวาร์ปเพื่อค้นหา "พ่อ" ของเธอด้วย ดังนั้น การเดินทางแห่งการประดิษฐ์ของ Magi Craft Meister ใหม่จึงเริ่มต้นขึ้น!